Prosiguen las aventuras y los extraños sucesos en torno a Kimihiro Watanuki, quien aún continúa pagando a la misteriosa, caprichosa y poderosa bruja Yuuko Ichihara para que su deseo de dejar de ver a espíritus y seres paranormales se haga realidad. Pero sus encuentros con diversos entes, seres y personas marcarán el principio de un cambio de vital importancia que Watanuki deberá atesorar con vistas al futuro. Los vínculos con la alegre Himawari Kunogi y, sobre todo, con el serio Shizuka Doumeki, se estrecharán cada vez más, y las preguntas acerca de su propia existencia se irán haciendo cada vez más frecuentes...

El protagonista de la serie es Kimihiro Watanuki (四月一日君尋 Watanuki Kimihiro), un estudiante de instituto que está constantemente asediado por monstruos, fantasmas y espíritus que se sienten atraídos mágicamente hacia él. Estos monstruos son invisibles para las personas sin poderes, por lo que los demás lo tachan de extraño o loco cuando es asediado por los espíritus. Todo cambia cuando entra en una tienda en la que venden deseos.

La tienda pertenece a la atractiva Yūko Ichihara (壱原侑子 Ichihara Yūko), una poderosa bruja del Japón actual. Ofrece a Watanuki la posibilidad de que deje de ver los fantasmas y criaturas si paga un precio de igual valor que la energía que ella requiere para realizar dicha labor. Watanuki al vivir solo, pues sus padres murieron en un accidente muchos años atrás, no tiene dinero, pero Yuko le ofrece encargarse de las labores domésticas de la tienda así como del ocasional trabajo extra, hasta haber trabajado lo suficiente para concederle su deseo, cosa que parece no ocurrir nunca.