2 nuevos mundos se han fusionado con el mundo humano, la dimensión Shin y la dimensión Ma, por ello vemos que existen nuevas razas humanoides de aspecto élfico.
Rin es un chico que va al instituto, el cual un buen día se entera que una de las dos nuevas alumnas de su clase se convertirá en su esposa.
Las dos alumnas son Sia, de la dimensión Shin y princesa de ésta; y Nerine, de la dimensión Ma, también princesa de ésta.
Además de encontrarnos con personajes misteriosos, encontraremos en Shuffle una shonen típico de colegial que se ve envuelto de chicas con la cual no se sabe con quién va a acabar, además de pinceladas de magia y mucho fanservice.

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai errante, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio de ello le ayudan a encontrar al samurai que huele al perfume de semillas de girasol. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, una rivalidad eterna casi profesional. Ambos samuraís tiene un pasado borroso; Mugen, de ascendencia Pirata llama la atención con su atuendo y su extraña forma de pelear. De Jin, samurai silencioso y de mirada fría, de pocas palabras, es acosado varias veces por todos por distintos samuraís de la región, en su viaje hacia Nagasaki. Ex alumnos del dojo del que él procede, le asedian tratando de eliminarlo, debido a su reputación y a la historia que le precede.

Makoto Itou, un estudiante de secundaria, admira a una chica que ve en el tren durante el camino a la escuela, Kotonoha Katsura, e incluso se las ingenia para tomarle una fotografía con su teléfono celular. Debido a un nuevo arreglo de lugares en su clase, él se termina sentando al lado de Sekai Saionji, quien al curiosear en su teléfono celular mientras conversaba con él, descubre su enamoramiento y decide ayudarlo hasta que Kotonoha acepte salir con él. Cuando Sekai consigue finalmente unirlos, se da cuenta de sus propios sentimientos después de descubrir que la persona que a Kotonoha le gustaba era, de hecho, Makoto. Mientras espera su tren junto a Makoto, quien está esperando a Kotonoha, él le pregunta como puede devolverle toda la ayuda que le dio. Antes de irse en su tren, ella lo besa y llora en el camino a su casa. Kotonoha llega felizmente para su cita con Makoto poco tiempo después. Con los tres personajes principales teniendo diferentes expresiones en sus rostros, la historia comienza.

Minato es un alumno repetido normal que de repente se ve inmerso en la batalla entre serkireis, unos seres con unos poderes sobre humanos, que sellan contratos con personas genéticamente predispuestas fortaleciendo sus habilidades y volviéndose todavia mas fuertes. Minato tendrá que reclutar a Sekireis mientras batalla con el resto de ashikabis y Sekireis.

La historia continua contando las aventuras de Lena y Gourry, siguiendo la línea temporal de las tres sagas anteriores. Lena y Gourry viajan por el mundo buscando una nueva espada para Gourry, Durante sus viajes no pierden la oportunidad para exterminar alguno que otro criminal, y claro robar sus tesoros. Por lo que se a ganado una gran fama a pulso como la temible Demonio Destructora "Tetiplana". Por lo que todos los criminales le temen e incluso varias naciones por la enorme destrucción que causa a su paso. Siendo buscada como una criminal por atacar y destruir armas y castillos que a pesar de su fama, no destruyo. Asi comienza la historia de esta nueva aventura y como se les unen viejos amigos en su travesía, y surgen nuevos enemigos.