En el año 2301, en el antiguo planeta Marte (que ya no es el planeta seco y árido que conocemos) ahora bautizado como Aqua, emerge la ciudad de Neo-Venecia, un refugio turistico donde la gente viaja a pie o en gondolas.
Las gondoleras profesionales, llamadas Undines, son muy queridas, ya que aparte del transporte, ofrecen visitas turisticas por la ciudad, una copia exacta de la Venecia de la Tierra.
Akari Mizunashi es una gondolera en practicas que trabaja en la Corporacion Aria, una empresa llevada en solitario por la encantadora Alicia.
Akari, gracias a su caracter amable y dulce, conocera multitud de turistas y compañeros de trabajo, en un ambiente de tranquilidad y paz, de la que Neo-Venecia sera testigo.

Un pequeño pueblo marítimo. Un viajero en busca de una chica con alas, Kunisaki Yukito. Una chica que sueña con el cielo, Kamio Misuzu.
Este es el escenario en el que se desarrolla esta serie. Cuando Yukito llega al pueblo, se encuentra con Misuzu, una chica solitaria, que, por alguna extraña razón, no consigue hacer amigos de ninguna forma. Juntos, intentarán lograr sus objetivos, aunque en ocasiones sea más complicado de lo que les gustaría.

Cuenta la historia de un grupo de chicas desde que empiezan el instituto hasta la prueba de acceso a la universidad. A lo largo de los tres años de los que consta la preparatoria, algo asi como el Bachillerato por estos lares, vemos como va desarollándose la relación que las une.

Nada más empezar la serie llega a clase una chica de 10 años, Chiyo-Chan, la cual es una niña superdotada que hace que sea la admiración de todo el instituto, llegando a ser el eje de la serie, porque a través de ella el grupo de amigas protagonistaa empiezan a conocerse mejor, un grupo de lo más variopinto, en el que hay chicas de todos los gustos y colores, como Yomi, una chica que siempre ha sido la mas aplicada y lista de la clase, la cual tiene una especial admiración por Chiyo y cuya amiga de toda la vida,Tomo-Chan, se encarga de hacerle la vida imposible. Tomo es una chica hiperactiva a la que le encanta hacerse notar tratando de demostrar que es la mejor en todo (cosa que nunca consigue) y que está metiendo siempre al grupo en problemas. Junto a ella suele estar siempre Ayumi, más conocida como Osaka-San, la cual siempre esta por las nubes imaginando las situaciones más surrealistas posibles con las coletas de Chiyo-Chan y que junto con Tomo y Kagura deciden crear el grupo de las Tres Idiotas para tratar de superar entre las tres las notas de Chiyo. Kagura es una de las mejores Athletas del Instituto y cuya meta es superar a Sakaki, una chica introvertida que es la mejor en los deportes y muy buena estudiante, a la que le encantan los gatos pero tiene un pequeño problema con ellos, a la vez que es la chica más admirada de todo el instituto, y en especial por Kaorin, la cual le tiene un alta estima.

Animatrix es un proyecto de nueve cortos que traslada la visión de Larry and Andy Wachowski, guionistas y directores de Matrix, al mundo del Anime. El proyecto representa más de tres años de colaboración entre los hermanos Wachowski y estudios de animación de Japón, Corea y los Estados Unidos. Todos los directores de los Animes han sido elegidos por los Wachowski que además, han escrito el guión de cuatro cortos y han supervisado la creación de todos y cada uno de ellos.
Las historias contadas pretenden dar una visión más amplia del mundo de Matrix. Cada corto tiene una duración de entre seis y dieciseis minutos y contarán desde la rebelión de las máquinas hasta el génesis de la misma Matrix. Podremos conocer el origen de algunos personajes de las películas y a nuevos personajes que luchan contra la tiranía de Matrix.