2 nuevos mundos se han fusionado con el mundo humano, la dimensión Shin y la dimensión Ma, por ello vemos que existen nuevas razas humanoides de aspecto élfico.
Rin es un chico que va al instituto, el cual un buen día se entera que una de las dos nuevas alumnas de su clase se convertirá en su esposa.
Las dos alumnas son Sia, de la dimensión Shin y princesa de ésta; y Nerine, de la dimensión Ma, también princesa de ésta.
Además de encontrarnos con personajes misteriosos, encontraremos en Shuffle una shonen típico de colegial que se ve envuelto de chicas con la cual no se sabe con quién va a acabar, además de pinceladas de magia y mucho fanservice.

En la infancia de Ray tuvo una traumática experiencia por culpa de una organización sin escrúpulo quien le "robaron" sus ojos. Pero gracias a un genio de la cirugía (Black Jack) le transplanta unos nuevos y especiales ojos que puede ver a través de las cosas. Pasan 10 años desde la operación y ahora Ray es una excelente cirujana. Ahora Ray tiene la posibilidad de salvar a la gente gracias a su habilidad. Pero La aparición de una chica que había conocido en aquella organización la lleva a querer investigar y vengarse de su responsable... un hombre que lleva un anillo con la letra H.

Prosiguen las aventuras y los extraños sucesos en torno a Kimihiro Watanuki, quien aún continúa pagando a la misteriosa, caprichosa y poderosa bruja Yuuko Ichihara para que su deseo de dejar de ver a espíritus y seres paranormales se haga realidad. Pero sus encuentros con diversos entes, seres y personas marcarán el principio de un cambio de vital importancia que Watanuki deberá atesorar con vistas al futuro. Los vínculos con la alegre Himawari Kunogi y, sobre todo, con el serio Shizuka Doumeki, se estrecharán cada vez más, y las preguntas acerca de su propia existencia se irán haciendo cada vez más frecuentes...

Soichiro Nari y Bob Makihara, dos jóvenes estudiantes, han dominado con sus puños los diferentes colegios por los que han pasado. Al llegar a la Todo Gakuen, su meta es nuevamente la misma. Pero en esta ocasión la situación no será tan fácil.
La escuela Todo Gakuen posee una larga historia, y fue fundada para convertirse en un centro de protección y desarrollo de las artes marciales. Los diferentes clubes existentes poseen fuertes guerreros, aunque todos se ven sometidos a las órdenes del Consejo de Estudiantes, presidido por Mitsuomi Takayanagi, que es posiblemente el luchador más fuerte de todo el colegio.Aún así, existe un club que no sigue sus directrices, el club Jyuuken, que tiene como capitana a Maya Natsume. Desafortunadamente para nuestro protagonista Soichiro, en uno de sus primeros combates para convertirse en dueño del colegio, Maya se enfrentará a él y le derrotará. Entonces Soichiro, deseando ser más fuerte, se unirá junto a Bob al club Jyuuken.
¿Logrará hacerse más fuerte? ¿Resistirá el club Jyuuken el acoso del Consejo de Estudiantes?

En un futuro lejano, las personas construyen sus hogares y hacen su vida en aldeas subterráneas. Por lo tanto, viven en miedo constante a causa de los ocasionales terremotos y derrumbes, desde hace ya cientos de años.
Un día, un chico llamado Simon de la aldea Jiiha, encuentra un pequeño y brillante taladro mientras trabajaba cavando para expandir la aldea. Al regresar de la excavación, Kamina, un tipo que cree en la existencia de la superficie, le persuade de que se una a su banda para atravesar el techo y abandonar la aldea. De repente, se produce un terremoto y el techo se derrumba, seguido de un enorme robot cayendo a la aldea.
Kamina ahora está seguro de que existe un mundo encima de ellos y temerariamente empieza a enfrentarse al robot. En ese momento, un chica aparece desde la superficie con un rifle, su nombre es Yoko y había estado siguiendo al robot conocido como Ganmen. Entonces, Simon decide enseñarles un descubrimiento que había hecho, un misterioso robot cuya cara es también su cuerpo, ahora llamado Lagann, se activa con el taladro que Simon había encontrado.
Tras vencer al Ganmen y subir a la superficie, descubren que los Ganmen son los causantes de los terremotos y son controlados por Hombres Bestias que se dedican a aterrorizar a los humanos en la superficie, así que deciden iniciar un viaje para terminar la batalla entre humanos y hombres bestias.

Uesugi Ren y su hermana Mihato, tras escapar de su violento padre y la terrible vida que tenían junto a él, deciden empezar una nueva vida juntos. Ren desea poder cuidar de su querida hermana mayor, pero pronto los fondos se acaban y necesita encontrar pronto un trabajo (y no quiere aceptar el ofrecimiento de su hermanad para hacer de modelo). La oportunidad se presenta con las hermanas Kuonji: Shinra, Miyu y Yume; unas chicas de familia rica que parecen siempre necesitar de más mayordomos. Sin nada que perder y no queriendo que su hermana haga otro tipo de labor, Ren y Mihato se unen al staff de sirvientes de la familia; donde tendrán que convivir con los demás mayordomos y sirvientas en busca de complacer a sus queridas amas.

Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai errante, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio de ello le ayudan a encontrar al samurai que huele al perfume de semillas de girasol. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, una rivalidad eterna casi profesional. Ambos samuraís tiene un pasado borroso; Mugen, de ascendencia Pirata llama la atención con su atuendo y su extraña forma de pelear. De Jin, samurai silencioso y de mirada fría, de pocas palabras, es acosado varias veces por todos por distintos samuraís de la región, en su viaje hacia Nagasaki. Ex alumnos del dojo del que él procede, le asedian tratando de eliminarlo, debido a su reputación y a la historia que le precede.

Sunao Konoe comienza su primer día de escuela y se encuentra con la sorpresa de que no hay club de teatro. Así que, decide formar uno por su cuenta. Pero entre la aparición de sus amigos de la infancia, el loco cuerpo estudiantil y la arrogante presidenta del consejo de estudiantes molestándola a cada ratos, da la impresión de que crear un club va a ser mas difícil de lo que pensó.

Luego de la Gran Batalla de los 8 millones de soldados, donde se penso que Saito habia muerto, Louise y Saito dan un gran avance en la relación. Sin embargo, por un suceso, Las runas de Gandarf de la mano de Saito, desaparecen, por lo que Saito deja técnicamente de ser su Familiar, dando a grandes sucesos en la historia de la serie...

El general Ryofu Hosen, su primer oficial Chin Kyuu y otros guerreros de la legendaria época de los Tres Reinos, por una acción divina son transportados a otra dimensión. Ese lugar es nada menos que en el Japón actual. El problema no solo era eso sino que Ryofu y Chin Kyuu aparecen convertidos en dos niñas. Ahora estos personajes deberán acostumbrarse a su nueva vida que nos es para nada facil, incluso para estos poderosos guerreros