En un mundo distante, un sitio donde coexisten tanto la magia como una tecnología capaz de fabricar barcos voladores, una muchacha joven que se entrena en la innvocación de la magia, Lena, y su amigo que usa la espada, Plitz, tienen la misión de proteger el Cristal del Viento, el objeto mágico que da la vida y la paz al Reino de Magnate, de una fuerza terrible y desconocida. Pero cuando los Piratas y Militares de Magnate se involucren en el asunto, pues todos ellos ansían el cristal, las cosas se volverán más complicadas y violentas.

Animatrix es un proyecto de nueve cortos que traslada la visión de Larry and Andy Wachowski, guionistas y directores de Matrix, al mundo del Anime. El proyecto representa más de tres años de colaboración entre los hermanos Wachowski y estudios de animación de Japón, Corea y los Estados Unidos. Todos los directores de los Animes han sido elegidos por los Wachowski que además, han escrito el guión de cuatro cortos y han supervisado la creación de todos y cada uno de ellos.
Las historias contadas pretenden dar una visión más amplia del mundo de Matrix. Cada corto tiene una duración de entre seis y dieciseis minutos y contarán desde la rebelión de las máquinas hasta el génesis de la misma Matrix. Podremos conocer el origen de algunos personajes de las películas y a nuevos personajes que luchan contra la tiranía de Matrix.