Fuu, una chica de 15 años, trabajaba en una casa de té hasta que ésta fue destruida después de una violenta pelea a tres bandas entre Mugen, el vagabundo, Jin, el samurai errante, y los guardaespaldas del hijo del Daikan de ese pueblo. Al final del combate Mugen y Jin son arrestados para ser ejecutados al día siguiente. Fuu intenta hacer un trato con estos dos individuos, les ayudará a escapar si a cambio de ello le ayudan a encontrar al samurai que huele al perfume de semillas de girasol. Aunque las cosas no son tan fáciles ya que Mugen y Jin están siempre intentando acabar el uno con el otro, una rivalidad eterna casi profesional. Ambos samuraís tiene un pasado borroso; Mugen, de ascendencia Pirata llama la atención con su atuendo y su extraña forma de pelear. De Jin, samurai silencioso y de mirada fría, de pocas palabras, es acosado varias veces por todos por distintos samuraís de la región, en su viaje hacia Nagasaki. Ex alumnos del dojo del que él procede, le asedian tratando de eliminarlo, debido a su reputación y a la historia que le precede.

La serie narra las aventuras de una compañía de transportes, no muy favorecida a ojos de la ley, establecidos en la ciudad ficticia de Ruananpur en Tailandia. La historia se centra en el conflicto intrapersonal de Okajima Rokuro.Rock es un ejecutivo de una empresa japonesa que es secuestrado por Black Lagoon, quien decide pasarse a sus filas después de saborear la insensibilidad y la humillación de sus jefes y el sistema al cual pertenece. Cerca de él se encuentra Rebeca Revy que es una china-americana muy buena con el manejo de armas pero bastante intolerante, llegando incluso a la violencia extrema; ella protegerá a Rock a pesar de todo los sucesos que se presenten. Los acompañan Dutch, el jefe de Black Lagoon, y Benny, un experto en computadoras y sistemas de comunicación. La serie básicamente muestra escenas de acción y violencia.

Okajima Rokuro es un hombre de negocios. Un día normal para el consiste en beber con clientes y ser maltratado por sus jefes. Finalmente consigue descansar al ser enviado por su compañía a entregar un disco al mar tropical en el este de China, pero su barco es raptado por un grupo de mercenarios contratados para obtener el disco. Okajima llama la atención de Levy, una mercenaria que piensa en pedir una recompensa por el y lo toma como rehén. Sin embargo el disco que roban tiene un terrible secreto que Okajima desconoce, esto causara confusión y caos, tanto para Okajima como para sus secuestradores.