Prosiguen las aventuras y los extraños sucesos en torno a Kimihiro Watanuki, quien aún continúa pagando a la misteriosa, caprichosa y poderosa bruja Yuuko Ichihara para que su deseo de dejar de ver a espíritus y seres paranormales se haga realidad. Pero sus encuentros con diversos entes, seres y personas marcarán el principio de un cambio de vital importancia que Watanuki deberá atesorar con vistas al futuro. Los vínculos con la alegre Himawari Kunogi y, sobre todo, con el serio Shizuka Doumeki, se estrecharán cada vez más, y las preguntas acerca de su propia existencia se irán haciendo cada vez más frecuentes...

Light Yagami es un excelente estudiante japonés que ha tenido una vida aburrida. Esto cambia radicalmente cuando encuentra tirado en el suelo un misterioso cuaderno en cuya portada se lee DEATH NOTE (Cuaderno de la muerte) en el cual, al escribir el nombre de una persona, ésta muere.
Light se mantiene escéptico hasta probar la eficacia del Death Note en dos ocasiones. Pasados algunos días lo visita Ryuk, un Shinigami, que le explica sobre la existencia de dicha especie y de las Death Notes,
Entonces, Light decidirá usarlo para limpiar al mundo de la maldad.

Después de morir arrollados en las vías del metro, Korono Kei y Kato Masaku aparecen en una extraña habitación en la que se encuentran otras personas que también han tenido algún tipo de accidente mortal. Este grupo esta compuesto por un profesor de primaria, dos yakuzas, un político, otros dos jóvenes y una chica que intento suicidarse.

El único mobiliario de la habitación es una esfera negra la cual, al estar todos presentes, les proporciona trajes especiales, armamento de alto nivel tecnológico, y acto seguido les da la orden de buscar y cazar a distintos tipos de alienígenas.

Para volver a sus vidas normales deben sobrevivir y conseguir suficientes “puntos”.

Corre el año 2001, la mitad de la tierra está sumergida por el ataque de un ser extraño calificado como Ángel (Apóstol) que derritió el polo norte aumentando el nivel del mar de una forma descomunal. En el año 2015 se acerca un objeto no identificado con gran rapidez que resiste a todas las armas convencionales lanzados por los humanos. Este es el tercer ataque de los ángeles enviados por Dios que se esconde en el cielo y que solo lo podrá detener la organización de Nerv. Esta es una organización encargada al estudio de los Ángeles que posee la única arma capaz de eliminar a los ángeles de la faz de la tierra, se trata de la forma de vida sintética conocida como los Evangelion, que son grandes robots que solo un grupo de jóvenes elegidos podrá pilotear, entre ellos se encuentra Shinji Ikari, Asuka y Rey Ayanami, estos tres pilotos trataran de salvar la tierra de los ataques de los Ángeles a como de lugar, aunque al principio les cueste.