Prosiguen las aventuras y los extraños sucesos en torno a Kimihiro Watanuki, quien aún continúa pagando a la misteriosa, caprichosa y poderosa bruja Yuuko Ichihara para que su deseo de dejar de ver a espíritus y seres paranormales se haga realidad. Pero sus encuentros con diversos entes, seres y personas marcarán el principio de un cambio de vital importancia que Watanuki deberá atesorar con vistas al futuro. Los vínculos con la alegre Himawari Kunogi y, sobre todo, con el serio Shizuka Doumeki, se estrecharán cada vez más, y las preguntas acerca de su propia existencia se irán haciendo cada vez más frecuentes...

En un futuro lejano la tierra ha cambiado en todo su totalidad después del Armagedon . La tierra es controlada por el Vaticano, encargado de todos los asuntos en relación con la sociedad, pero por otra parte tambien se encuentra el imperio bajo ordenes de matusalenes, mejor conocidos como vampiros.

Estos dos grandes bandos se encuentran dividos pero sus 2 grandes lideres se encuentran luchando por la unificacion de ambas razas para crear un mundo lleno de armonia, mas sin embargo existe una sociedad mas, pareciendo ser controlada por vampiros, llamada Rozen Kreuz, moviendoce en anonimato intentan corromper el vago equilibrio entre ambas razas para que ellos puedan tomar el control del mundo, para esto el Vaticano ha decidido contratar creando un grupo que ayude a eliminar el trabajo sucio bajo el nombre de "AX".

Después de morir arrollados en las vías del metro, Korono Kei y Kato Masaku aparecen en una extraña habitación en la que se encuentran otras personas que también han tenido algún tipo de accidente mortal. Este grupo esta compuesto por un profesor de primaria, dos yakuzas, un político, otros dos jóvenes y una chica que intento suicidarse.

El único mobiliario de la habitación es una esfera negra la cual, al estar todos presentes, les proporciona trajes especiales, armamento de alto nivel tecnológico, y acto seguido les da la orden de buscar y cazar a distintos tipos de alienígenas.

Para volver a sus vidas normales deben sobrevivir y conseguir suficientes “puntos”.

La misteriosa “Organización Hellsing”, un grupo de exterminadores de vampiros con base en Inglaterra, libra una guerra en la sombra para proteger a los mortales de las lesiones de criaturas de la oscuridad que les acechan. Cuando una epidemia de vampirismo lleva a los soldados de Hellsing al límite de sus fuerzas, la Organización se ve forzada a liberar su arma definitiva: el vampiro renegado Alucard. Tras salvar a la joven agente de policía Seras de una muerte segura al convertirla en vampiro, Alucard decide formar equipo con ella para luchar tanto contra el ejército de monstruos que amenaza la sociedad cristiana como contra su recién descubierto apetito por la sangre. No tardarán en descubrir que una nueva raza de vampiros ha comenzado a alzarse..