2 nuevos mundos se han fusionado con el mundo humano, la dimensión Shin y la dimensión Ma, por ello vemos que existen nuevas razas humanoides de aspecto élfico.
Rin es un chico que va al instituto, el cual un buen día se entera que una de las dos nuevas alumnas de su clase se convertirá en su esposa.
Las dos alumnas son Sia, de la dimensión Shin y princesa de ésta; y Nerine, de la dimensión Ma, también princesa de ésta.
Además de encontrarnos con personajes misteriosos, encontraremos en Shuffle una shonen típico de colegial que se ve envuelto de chicas con la cual no se sabe con quién va a acabar, además de pinceladas de magia y mucho fanservice.

En la infancia de Ray tuvo una traumática experiencia por culpa de una organización sin escrúpulo quien le "robaron" sus ojos. Pero gracias a un genio de la cirugía (Black Jack) le transplanta unos nuevos y especiales ojos que puede ver a través de las cosas. Pasan 10 años desde la operación y ahora Ray es una excelente cirujana. Ahora Ray tiene la posibilidad de salvar a la gente gracias a su habilidad. Pero La aparición de una chica que había conocido en aquella organización la lleva a querer investigar y vengarse de su responsable... un hombre que lleva un anillo con la letra H.

Prosiguen las aventuras y los extraños sucesos en torno a Kimihiro Watanuki, quien aún continúa pagando a la misteriosa, caprichosa y poderosa bruja Yuuko Ichihara para que su deseo de dejar de ver a espíritus y seres paranormales se haga realidad. Pero sus encuentros con diversos entes, seres y personas marcarán el principio de un cambio de vital importancia que Watanuki deberá atesorar con vistas al futuro. Los vínculos con la alegre Himawari Kunogi y, sobre todo, con el serio Shizuka Doumeki, se estrecharán cada vez más, y las preguntas acerca de su propia existencia se irán haciendo cada vez más frecuentes...

Soichiro Nari y Bob Makihara, dos jóvenes estudiantes, han dominado con sus puños los diferentes colegios por los que han pasado. Al llegar a la Todo Gakuen, su meta es nuevamente la misma. Pero en esta ocasión la situación no será tan fácil.
La escuela Todo Gakuen posee una larga historia, y fue fundada para convertirse en un centro de protección y desarrollo de las artes marciales. Los diferentes clubes existentes poseen fuertes guerreros, aunque todos se ven sometidos a las órdenes del Consejo de Estudiantes, presidido por Mitsuomi Takayanagi, que es posiblemente el luchador más fuerte de todo el colegio.Aún así, existe un club que no sigue sus directrices, el club Jyuuken, que tiene como capitana a Maya Natsume. Desafortunadamente para nuestro protagonista Soichiro, en uno de sus primeros combates para convertirse en dueño del colegio, Maya se enfrentará a él y le derrotará. Entonces Soichiro, deseando ser más fuerte, se unirá junto a Bob al club Jyuuken.
¿Logrará hacerse más fuerte? ¿Resistirá el club Jyuuken el acoso del Consejo de Estudiantes?

Uesugi Ren y su hermana Mihato, tras escapar de su violento padre y la terrible vida que tenían junto a él, deciden empezar una nueva vida juntos. Ren desea poder cuidar de su querida hermana mayor, pero pronto los fondos se acaban y necesita encontrar pronto un trabajo (y no quiere aceptar el ofrecimiento de su hermanad para hacer de modelo). La oportunidad se presenta con las hermanas Kuonji: Shinra, Miyu y Yume; unas chicas de familia rica que parecen siempre necesitar de más mayordomos. Sin nada que perder y no queriendo que su hermana haga otro tipo de labor, Ren y Mihato se unen al staff de sirvientes de la familia; donde tendrán que convivir con los demás mayordomos y sirvientas en busca de complacer a sus queridas amas.

Luego de la Gran Batalla de los 8 millones de soldados, donde se penso que Saito habia muerto, Louise y Saito dan un gran avance en la relación. Sin embargo, por un suceso, Las runas de Gandarf de la mano de Saito, desaparecen, por lo que Saito deja técnicamente de ser su Familiar, dando a grandes sucesos en la historia de la serie...

En el año 2301, en el antiguo planeta Marte (que ya no es el planeta seco y árido que conocemos) ahora bautizado como Aqua, emerge la ciudad de Neo-Venecia, un refugio turistico donde la gente viaja a pie o en gondolas.
Las gondoleras profesionales, llamadas Undines, son muy queridas, ya que aparte del transporte, ofrecen visitas turisticas por la ciudad, una copia exacta de la Venecia de la Tierra.
Akari Mizunashi es una gondolera en practicas que trabaja en la Corporacion Aria, una empresa llevada en solitario por la encantadora Alicia.
Akari, gracias a su caracter amable y dulce, conocera multitud de turistas y compañeros de trabajo, en un ambiente de tranquilidad y paz, de la que Neo-Venecia sera testigo.

Un pequeño pueblo marítimo. Un viajero en busca de una chica con alas, Kunisaki Yukito. Una chica que sueña con el cielo, Kamio Misuzu.
Este es el escenario en el que se desarrolla esta serie. Cuando Yukito llega al pueblo, se encuentra con Misuzu, una chica solitaria, que, por alguna extraña razón, no consigue hacer amigos de ninguna forma. Juntos, intentarán lograr sus objetivos, aunque en ocasiones sea más complicado de lo que les gustaría.

En un futuro lejano la tierra ha cambiado en todo su totalidad después del Armagedon . La tierra es controlada por el Vaticano, encargado de todos los asuntos en relación con la sociedad, pero por otra parte tambien se encuentra el imperio bajo ordenes de matusalenes, mejor conocidos como vampiros.

Estos dos grandes bandos se encuentran dividos pero sus 2 grandes lideres se encuentran luchando por la unificacion de ambas razas para crear un mundo lleno de armonia, mas sin embargo existe una sociedad mas, pareciendo ser controlada por vampiros, llamada Rozen Kreuz, moviendoce en anonimato intentan corromper el vago equilibrio entre ambas razas para que ellos puedan tomar el control del mundo, para esto el Vaticano ha decidido contratar creando un grupo que ayude a eliminar el trabajo sucio bajo el nombre de "AX".

Después de morir arrollados en las vías del metro, Korono Kei y Kato Masaku aparecen en una extraña habitación en la que se encuentran otras personas que también han tenido algún tipo de accidente mortal. Este grupo esta compuesto por un profesor de primaria, dos yakuzas, un político, otros dos jóvenes y una chica que intento suicidarse.

El único mobiliario de la habitación es una esfera negra la cual, al estar todos presentes, les proporciona trajes especiales, armamento de alto nivel tecnológico, y acto seguido les da la orden de buscar y cazar a distintos tipos de alienígenas.

Para volver a sus vidas normales deben sobrevivir y conseguir suficientes “puntos”.