En la infancia de Ray tuvo una traumática experiencia por culpa de una organización sin escrúpulo quien le "robaron" sus ojos. Pero gracias a un genio de la cirugía (Black Jack) le transplanta unos nuevos y especiales ojos que puede ver a través de las cosas. Pasan 10 años desde la operación y ahora Ray es una excelente cirujana. Ahora Ray tiene la posibilidad de salvar a la gente gracias a su habilidad. Pero La aparición de una chica que había conocido en aquella organización la lleva a querer investigar y vengarse de su responsable... un hombre que lleva un anillo con la letra H.

En el año 2301, en el antiguo planeta Marte (que ya no es el planeta seco y árido que conocemos) ahora bautizado como Aqua, emerge la ciudad de Neo-Venecia, un refugio turistico donde la gente viaja a pie o en gondolas.
Las gondoleras profesionales, llamadas Undines, son muy queridas, ya que aparte del transporte, ofrecen visitas turisticas por la ciudad, una copia exacta de la Venecia de la Tierra.
Akari Mizunashi es una gondolera en practicas que trabaja en la Corporacion Aria, una empresa llevada en solitario por la encantadora Alicia.
Akari, gracias a su caracter amable y dulce, conocera multitud de turistas y compañeros de trabajo, en un ambiente de tranquilidad y paz, de la que Neo-Venecia sera testigo.

Después de morir arrollados en las vías del metro, Korono Kei y Kato Masaku aparecen en una extraña habitación en la que se encuentran otras personas que también han tenido algún tipo de accidente mortal. Este grupo esta compuesto por un profesor de primaria, dos yakuzas, un político, otros dos jóvenes y una chica que intento suicidarse.

El único mobiliario de la habitación es una esfera negra la cual, al estar todos presentes, les proporciona trajes especiales, armamento de alto nivel tecnológico, y acto seguido les da la orden de buscar y cazar a distintos tipos de alienígenas.

Para volver a sus vidas normales deben sobrevivir y conseguir suficientes “puntos”.

Tras perder a su madre, Alphonse y Edward Elric tratan de revivirla usando la ciencia prohibida de la alquimia humana. Sin embargo, la alquimia opera bajo la teoría del cambio equivalente y romper el tabú de la alquimia humana acarrea un alto precio. Ed pierde una de sus piernas y Al su cuerpo. Ed logra sellar el alma de Al dentro de una gran armadura, a costa de su brazo. Años después, Ed (ahora con dos extremidades mecánicas) y Al (aún atrapado en la armadura) dejan su casa de la niñez, cada uno preocupado por la felicidad del otro. Ed, quien tuvo un talento y habilidad natural para la alquimia, se convierte en un alquimista con certificado nacional y pronto es conocido en todas partes como el “Alquimista Fullmetal”. El verdadero objetivo de ambos hermanos es buscar cualquier información sobre la legendaria Piedra Filosofal, con la esperanza de que ésta les permita recobrar sus cuerpos. Todas sus esperanzas descansan en la mítica piedra, que incluso puede no existir.

Corre el año 2001, la mitad de la tierra está sumergida por el ataque de un ser extraño calificado como Ángel (Apóstol) que derritió el polo norte aumentando el nivel del mar de una forma descomunal. En el año 2015 se acerca un objeto no identificado con gran rapidez que resiste a todas las armas convencionales lanzados por los humanos. Este es el tercer ataque de los ángeles enviados por Dios que se esconde en el cielo y que solo lo podrá detener la organización de Nerv. Esta es una organización encargada al estudio de los Ángeles que posee la única arma capaz de eliminar a los ángeles de la faz de la tierra, se trata de la forma de vida sintética conocida como los Evangelion, que son grandes robots que solo un grupo de jóvenes elegidos podrá pilotear, entre ellos se encuentra Shinji Ikari, Asuka y Rey Ayanami, estos tres pilotos trataran de salvar la tierra de los ataques de los Ángeles a como de lugar, aunque al principio les cueste.

Animatrix es un proyecto de nueve cortos que traslada la visión de Larry and Andy Wachowski, guionistas y directores de Matrix, al mundo del Anime. El proyecto representa más de tres años de colaboración entre los hermanos Wachowski y estudios de animación de Japón, Corea y los Estados Unidos. Todos los directores de los Animes han sido elegidos por los Wachowski que además, han escrito el guión de cuatro cortos y han supervisado la creación de todos y cada uno de ellos.
Las historias contadas pretenden dar una visión más amplia del mundo de Matrix. Cada corto tiene una duración de entre seis y dieciseis minutos y contarán desde la rebelión de las máquinas hasta el génesis de la misma Matrix. Podremos conocer el origen de algunos personajes de las películas y a nuevos personajes que luchan contra la tiranía de Matrix.

Rito Yūki, un estudiante de secundaria superior, no puede expresar sus sentimientos a Haruna Sairenji, delegada de su clase, y de quien está enamorada desde la secundaria. Mientras tomaba un baño luego de regresar a clases, una chica desnuda se aparece frente a él. Ella se presenta como Lala, una alienígena que proviene del planeta Deviluke, donde es la heredera al trono. Su padre la busca para que regrese allí, y continúe con sus audiencias para buscar a la persona con quien contraerá matrimonio y será el rey del universo, algo que ella no desea hacer, por lo que huyó a la Tierra. Al día siguiente, mientras se dirigía a la escuela, se cruza con Haruna, y al declararle sus sentimientos, se presenta frente a él Lala, aceptando la proposición. Desde ese momento, Rito deberá defenderse de los pretendientes extraterrestres y del mismo padre de Lala, ya que, de no aceptar a su hija, luego de declararle sus sentimientos (aunque fue a la persona equivocada), destruirá el planeta.